Die zunehmende Bedeutung des Elbeverkehrs in den 1960er Jahren veranlasste den Magistrat der Stadt Lauenburg/Elbe das seit 1926 bestehende Museum in ein überregionales Elbschifffahrtsmuseum umzuwandeln. So entstand das Museum im ehemaligen Rathaus der Stadt in der Elbstraße 59, mitten in der Altstadt.

Es wurden Großexponate wie Dampfmaschinen und Dieselmotoren beschafft und im Gewölbekeller des ehemaligen Rathauses zu einer einzigartigen Ausstellung zusammengeführt. Mehr als 10.000 Arbeitsstunden waren notwendig um dieses Ensemble entstehen zu lassen.

Wichtige Unterstützung erhielt das Museum durch den 1967 gegründeten Verein zur Förderung des Lauenburger Elbschiffahrtsmuseums e. V.. Dieser Verein ermöglicht bis heute den Erwerb neuer Exponate. Das unter der Trägerschaft der Stadt Lauenburg/Elbe geführte Museum, bildet mit dem vom Förderverein geführten Schifffahrtsarchiv und dem Raddampfer „Kaiser Wilhelm“ als schwimmendes Museumsobjekt eine Einheit, die sich national und international einen sehr guten Ruf erworben hat.

Das Elbschifffahrtsmuseum wurde von August 2010 bis November 2011 im Rahmen des Konjunkturpakets II durch Fördermittel des Bundes und des Landes Schleswig-Holstein unter besonderer Beachtung der Barrierefreiheit energetisch saniert und restauriert. Insgesamt beliefen sich die Baukosten auf 2,6 Mio. Euro. Ein neu errichteter Zwischenbau, ausgeführt als moderner Stahlbau mit gläsernem Aufzug, verbindet nun die historischen Gebäudeteile miteinander.

Anschließend entwickelte der Museumsplaner Uwe Franzen (Atelier Handwerk) eine neue Ausstellung für das Museum. Die Umsetzung des Ausstellungskonzeptes „Mensch-Modell-Maschine“ wurde mit EU-Fördermitteln aus dem Zukunftsprogramm „Ländlicher Raum“ des Landes Schleswig-Holstein mit knapp 600.000 Euro gefördert. Mit den städtischen Eigenmitteln standen für die neue Ausstellung knapp 1,3 Mio. Euro zur Verfügung. Darüber hinaus flossen bereits unzählige ehrenamtliche Arbeitsstunden in die Erneuerung und Entwicklung der Ausstellung.